肌肉也有很大的复合体储备碳水化合物被称为糖原．糖原是葡萄糖分子链。细胞将糖原分解为葡萄糖。然后细胞使用厌氧代谢(厌氧的意思是“无氧”)产生ATP和一种叫做乳酸从葡萄糖。
在这个过程中，大约有12个化学反应产生ATP，所以它提供ATP的速度比磷化系统要慢。这个系统仍然可以快速行动并产生足够的ATP维持大约90秒。这个系统不需要氧气，这很方便，因为它可以心和肺有时间让他们行动起来。它也很方便，因为快速收缩的肌肉会挤压自己的血管，使自身缺氧血．
由于乳酸的存在，无氧呼吸有一定的限度。酸会让你的肌肉疼痛。乳酸在肌肉组织中积聚，导致你在运动时感到疲劳和酸痛。
