系统生物学家培育了一个独特的果园。跟随。的脚步查尔斯·达尔文，他们成长系统发育树——描绘线条的分支图进化追溯到共同的祖先。
也被称为的发展史在美国，这些系和分类的组合以不同的特异性描绘了生物多样性，从单个生物到更广泛的分类学排名，如王国和领域。随着每棵树的出现，这些生物学家离发现更伟大的东西更近了一步:生命本身的四维模型。
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科学家们使用许多工具来重建生命之树。他们严重依赖于支序分类学这是一种假设生物体之间关系的方法。可以把它想象成创建一个家族树，为未知的祖先留下空白。他们还转向分子测序，通过比较不同生物的分子细节来揭示它们之间的关系等级。再想想家谱，只不过这次使用DNA证据来确定家谱在图上的位置。当然，还有化石记录:矿化的残余物囚禁在过去的生命形态中地球本身。
然而，化石记录是相当不完整的。这里有一个主要原因:为了开始漫长的石化过程，沉积物必须覆盖生物体的遗骸。大多数生物在此之前就分解了。如果生物恰好大量存在或生活在沉积物中或周围，石化的几率就会增加。例如，三叶虫，古代海洋节肢动物，符合这两个标准，所以它们是相当常见的化石。的雷克斯霸王龙然而，这种情况要少见得多。它体型庞大，居住在陆地上，作为顶级掠食者，它在人口中所占的比例要小得多。
另外，化石可能是固定在石头上的，但它们远非不受影响。像所有的岩石一样，它们会腐蚀、融化和破裂。考虑到所有我们还没有发现的化石和我们无法正确破译的化石(由于部分石化或技术不足)，化石记录变得更加混乱。
因此，就像矿化的骨头本身一样，化石记录是一个不完整的框架，科学家们通过额外的方法来充实。虽然分支学、分子测序和化石记录都提供了不同的数据集，但系统生物学家通常在这三者中发现了相似的多样化模式。换句话说，这三种方法相互补充，描绘出一幅生命之树应该是什么样子的和谐图景。
化石记录在我们试图观察的时间越久远就越不完整。最近的生物也没有出现。例如，淡水软体动物双壳纲的一些亚纲有高达45%的发育不完整[来源:瓦伦丁等人。］．化石记录中的重要联系也仍未得到解释，例如连接整个门的古代最后的共同祖先。对石化过程的研究继续阐明我们遗漏了多少记录。
因此，就其本身而言，许多地区的化石记录都相当缺乏。然而，就像犯罪现场的指纹一样，这只是谜团的一部分。化石、分支和分子测序一起工作，形成了一个更大的图景，正确地记录了生命的进化[来源:Benton等人。］．
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