大多数国家现在都在实施新生儿囊性纤维化的普遍筛查试验。这是最标准和最常见的囊性纤维化检查。通常，护士会在婴儿出生后不久，当婴儿仍在医院时，抽取非常小的血液样本。然后将血液样本送到实验室进行初步囊性纤维化测试。如果检测结果呈阳性，则进行后续汗液试验以确认囊性纤维化的诊断[来源:CFF]。
新生儿囊性纤维化筛检是非常有效和简单的，这使得每个婴儿的成本相对较低。通常情况下，在加拿大等拥有全民医疗保健的国家，这种新生儿筛查的费用包括在医疗保健服务中。此外，美国大多数保险公司也会支付这项测试的费用。这意味着，在大多数情况下，新生儿囊性纤维化筛查对父母来说是免费的。新生儿囊性纤维化筛查试验的成本与其他新生儿基因筛查试验相当。标准的囊性纤维化基因筛选试验(免疫反应性胰蛋白酶原或IRT筛选)只需1.5美元。如果这个测试是阳性的，将进行进一步的基因测试。囊性纤维化单次突变分析的成本约为20美元，而多次突变分析的成本约为50美元。囊性纤维化可由一个基因的1000多个突变引起。然而，囊性纤维化的大多数病例是由有限数量的突变变异引起的。
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不幸的是，囊性纤维化患者一生中额外检测和终身治疗的费用，与婴儿时期一次基因检测的费用相比，就相形见绌了。患有严重或晚期囊性纤维化的人每年的医疗保健费用约为43,300美元[来源:Lieu等]。